中心现有在职在编职工485名，其中，专业技术人员409人，研究生以上学历181人，正高级技术职务66人，副高级技术职务89人。现辖31个部门（室、科、所），其中职能部门11个、业务部门17个，其它科室3个，主要有急性传染病防制、慢性传染病防制、慢性非传染病防制、性病与艾滋病防制、免疫规划、消毒与媒介生物防制、食品安全与评价（含学生常见病防制）、环境疾病（地方病）防制、放射防护、职业病防治、毒理与功能评价、理化检验、病原微生物研究、健康教育与健康促进、公共卫生信息等专业部门，主办《江苏预防医学》、《江苏卫生保健》杂志。